jQuery を使って HTML の iframe の内側コンテンツを、iframe の外側の JavaScript からスクロールさせる方法を紹介します。
今回は2つの HTML ファイル(main.html と sub.html)を使います。main.html が iframe の外側(というか、iframe を記述する側)のファイルで、main.html の中の iframe に sub.html が指定されて埋め込まれて表示される、という関係だと想定します。sub.html はどんな内容でも構いませんが、強制スクロールさせて表示することを想定しているので、それなりに縦長の、普通に見ても縦スクロールさせないと全体が見えないくらいの大きさのページを使ってください:

一方、iframe の外側である main.html が今回の主役で、main.html 内の JavaScript で sub.html をスクロールさせて表示させることが今回の目的です。実現するためには以下のような内容で記述します:
jQuery を使って、まず sub.html がロードされた直後に( $('#sub').load() 関数内で)iframe_scroll 関数を実行しています。この関数では iframe 要素のコンテンツを取り出し、animate 関数を使ってスクロールさせています。この例では 0.8 秒かけて 100 ピクセル下にスクロールし、0.2 秒(1000 ミリ秒 - 800 ミリ秒)止まって繰り返す、という例を実装しています。
なお、sub.html をローカルで用意する代わりに外部コンテンツ(http://www.xxx.com/xxxxx.html など)を指定した場合、iframe 内に表示はされますが、クロスドメイン制約にかかって iframe 内の要素にアクセスすることができず、スクロールは行われません。ご注意ください。
今回は2つの HTML ファイル(main.html と sub.html)を使います。main.html が iframe の外側(というか、iframe を記述する側)のファイルで、main.html の中の iframe に sub.html が指定されて埋め込まれて表示される、という関係だと想定します。sub.html はどんな内容でも構いませんが、強制スクロールさせて表示することを想定しているので、それなりに縦長の、普通に見ても縦スクロールさせないと全体が見えないくらいの大きさのページを使ってください:

一方、iframe の外側である main.html が今回の主役で、main.html 内の JavaScript で sub.html をスクロールさせて表示させることが今回の目的です。実現するためには以下のような内容で記述します:
<html>
<head>
<script src="https://code.jquery.com/jquery-2.0.3.min.js"></script>
<script>
$(function(){
$('#sub').load( function(){
iframe_scroll( 100 );
});
});
function iframe_scroll( top ){
//. 「0.8 秒で 100 ピクセルスクロールし、0.2 秒待つ」を繰り返す
$('body,html', $('#sub').contents() ).animate( {scrollTop: top}, 800, 'swing' );
setTimetout( iframe_scroll, 1000, top + 100 );
}
</script>
<title>main</title>
</head>
<body>
<h1>main</h1>
<hr/>
<iframe id="sub" src="./sub.html" width="90%" height="50%"></iframe>
</body>
</html>
jQuery を使って、まず sub.html がロードされた直後に( $('#sub').load() 関数内で)iframe_scroll 関数を実行しています。この関数では iframe 要素のコンテンツを取り出し、animate 関数を使ってスクロールさせています。この例では 0.8 秒かけて 100 ピクセル下にスクロールし、0.2 秒(1000 ミリ秒 - 800 ミリ秒)止まって繰り返す、という例を実装しています。
なお、sub.html をローカルで用意する代わりに外部コンテンツ(http://www.xxx.com/xxxxx.html など)を指定した場合、iframe 内に表示はされますが、クロスドメイン制約にかかって iframe 内の要素にアクセスすることができず、スクロールは行われません。ご注意ください。