MySQL テーブル内にバイナリデータを格納する場合、blob 型の列を定義することになります。具体的には blob 型にも複数あり、想定される最大サイズに応じて使うことになります：

型	最大サイズ（バイト）	格納するデータの例
tinyblob	255	（あまり使われない？）
blob	65,535	（あまり使われない？）
mediumblob	16,777,215	画像など
largeblob	4,294,967,295	動画、音声など

格納するデータの内容によって型を決める必要がありますが、例えば画像、音声、動画といったメディア系のファイルを格納しようとすると tinyblob や blob 型では足りないと思われるので、ほぼ mediumblob か largeblob を使うことになると思われます。１データの最大サイズが 16MB を超える想定があるかどうかで使い分けることになります。ただし largeblob でも 4GB が最大となります。

MySQL で mediumblob 型を使う場合のテーブル定義の例としてはこのようになります：

create table images( id int primary key, img mediumblob ); 

上記例では images テーブル内に mediumblob 型の img 列を定義しました。このテーブルにデータを読み書きする Java のサンプルは後述のようになります。なお後述のサンプル共通で getConnection() という関数を使っていますが、これは java.sql.Connection クラスのインスタンスを返す関数で、具体的には以下のような内容となります：

public Connection getConnection(){
  Connection conn = null;
  try{
    Class.forName( "com.mysql.jdbc.Driver" );
    conn = DriverManager.getConnection( "jdbc:mysql://servername/dbname", "user", "pass" );
  }catch( Exception e ){
    e.printStackTrace();
  }

  return conn;
}

まずはデータの書き込み（insert）です。格納したいバイナリデータが byte[] 型の変数 data に格納されている場合、以下のようなコードで上述の images テーブルに insert することができます：

import java.sql.*;
   : 
 
 
try{
  Connection conn = getConnection();
  String sql = "insert into images( id, img ) values ( ?, ? )";
  PreparedStatement stmt = conn.prepareStatement( sql );
 
 
  stmt.setInt( 1, id ); 
  stmt.setBytes( 2, data ); //. data は byte[] 型 
  int r = stmt.executeUpdate(); 

  stmt.close(); 
  conn.close(); 
}catch( Exception e ){ 
  e.printStackTrace(); 
}

一方、読み出し（select）は以下のようになります。ResultSet からバイナリストリームを取得して ByteArrayOutputStream に書き出し、最後に byte[] 型の変数に変換して取り出しています：

import java.sql.*; 
 : 


byte[] r = null; 

try{ 
  Connection conn = getConnection(); 
  String sql = "select img from images where id = " + id;
  Statement stmt = conn.createStatement(); 

  ResultSet rs = stmt.executeQuery( sql );
  rs.first(); 
  InputStream is = rs.getBinaryStream( 1 );
  ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream();
  byte[] bs = new byte[1024];
  int size = 0;
  while( ( size = is.read( bs ) ) != -1 ){
    baos.write( bs, 0, size );
  } 

  r = baos.toByteArray();  //. byte[] 型に変換してデータを取得

  stmt.close();
  conn.close(); 
}catch( Exception e ){
  e.printStackTrace();
  r = null; 
}

バイナリデータをサービスシステム内のどこに格納するべきか、という設計の問題を考慮した上で使うべきだと思いますが、この方法で MySQL に格納しておけば、MySQL のバックアップを取ればバイナリデータもまとめてバックアップすることができ、同様に MySQL をリストアすればバイナリデータごとリストアできる、というメリットがあります。