普段のアプリケーション開発コーディングには Eclipse を使っています。

最近、バージョン管理に Subversion(SVN) を使うようになり、 Eclipse 環境にも SVN プラグインを導入していました。が、どうもこれがちと問題（仕様？）で、Eclipse のプロジェクトを壊す原因になってしまうらしい。。
Bug 111368 - project clean & build copies subversion .svn folders to bin tree
 
とはいえ Eclipse を捨てる選択肢はないので設定で回避。プロジェクトのプロパティから Java Build Path - Source を選び、Excluded 欄に **/.svn/* を追加


これで svn の同期設定のために生成されるフォルダはコピーの対象外になって、プロジェクトの破壊を回避できるようになった。